Bajo el grupo de investigación "Ecología Microbiana de Corales" de la Fundación Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano, se colectaron bacterias aisladas de fragmentos del coral Madracis auretenra en estado saludable recolectados en el sector de Inca Inca, en Santa Marta en la época climática seca del año 2022. Las bacterias fueron extraídas del tejido vivo y el mucus de los fragmentos, para ser finalmente identificadas molecularmente usando el gen 16S y la filogenia del banco de secuencias EZBiocloud.
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Oceanografía de la ensenada de Gaira: El Rodadero, más que un centro turístico en el Caribe colombiano. Fund. Univ. Bogotá Jorge Tadeo Lozano, Bogotá. 56 p.","citationProvidedBySource":false},{"text":"Frank J.A., Reich C.I., Sharma S., Weisbaum J.S., Wilson B.A., Olsen G.J. 2008. Critical evaluation of two primers commonly used for amplification of bacterial 16S rRNA genes. Applied and environmental microbiology, 74(8), 2461-2470 p.","citationProvidedBySource":false},{"text":"García, F., Palacio, C., García, U. 2012. Calidad Del Agua En El Área Costera De Santa Marta (Colombia). Water Quality At Santa Marta Coastal Area (Colombia). Dyna (79), 85–94.","citationProvidedBySource":false},{"text":"Hall T., Biosciences I., Carlsbad C.J.G.B.B. 2011. BioEdit: an important software for molecular biology. GERF Bull Biosci, 2(1), 60-61 p.","citationProvidedBySource":false},{"text":"Madigan, M., J. Martiniko y J. Parker. 2000. Brook Biology of the microorganism. 9ª edición. Prentice Hall. New York.","citationProvidedBySource":false},{"text":"Stephen F. 1995. Freeze-Drying and Cryopreservation of Bacteria. En: Day JG, Pennington MW, editores. Cryopreservation and Freeze-Drying Protocols. Methods in Molecular Biology. Totowa, New Jork: Humana Press. p.","citationProvidedBySource":false},{"text":"Yarza P., Yilmaz P., Pruesse E., Glöckner F.O., Ludwig W., Schleifer K.H., Whitman W.B., Euzéby J., Amann R., Rosselló-Móra, R. 2014. Uniting the classification of cultured and uncultured bacteria and archaea using 16S rRNA gene sequences. Nature Reviews Microbiology, 12(9), 635-645 p.","citationProvidedBySource":false},{"text":"Yoon S.H., Ha S.M., Kwon S., Lim J., Kim Y., Seo H., Chun J. 2017. Introducing EzBioCloud: a taxonomically united database of 16S rRNA gene sequences and whole-genome assemblies. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 67(5), 1613 p.","citationProvidedBySource":false}],"curatorialUnits":[],"taxonomicCoverages":[{"description":"Las secuencias bacterianas del gen 16S obtenidas se identificaron a nivel de especie o género, según el nivel de similitud obtenido al comparar la secuencia con la base de datos de EZBiocloud (Mayor o igual al 99 % a nivel de especie, mayor o igual al 97 % a nivel de género). Se encontraron 125 cepas diferentes correspondientes a 34 especies, en su mayoría pertenecientes al orden Vibrionales (clase Gammaproteobacteria).","coverages":[{"scientificName":"Bacteria","commonName":"Bacteria","rank":{"verbatim":"domain","interpreted":"DOMAIN"}}]}],"geographicCoverages":[{"description":"Sector de Inca Inca, en la zona costera del municipio de Santa Marta, departamento de Magdalena, Colombia.","boundingBox":{"minLatitude":11.211,"maxLatitude":11.216,"minLongitude":-74.238,"maxLongitude":-74.234,"globalCoverage":false}}],"temporalCoverages":[{"@type":"range","start":"2022-03-01T00:00:00.000+00:00","end":"2022-03-31T00:00:00.000+00:00"}],"keywordCollections":[{"thesaurus":"n/a","keywords":["Madracis auretenra","Microbioma coralino","gen 16S","bacterias cultivables","metagenómica","tejido","mucus"]},{"thesaurus":"GBIF Dataset Type Vocabulary: http://rs.gbif.org/vocabulary/gbif/dataset_type_2015-07-10.xml","keywords":["Occurrence"]},{"thesaurus":"GBIF Dataset Subtype Vocabulary: http://rs.gbif.org/vocabulary/gbif/dataset_subtype.xml","keywords":["Observation"]}],"project":{"title":"Identificación de los microorganismos aislados a través de datos moleculares del marcador 16S rRNA para bacterias","contacts":[{"type":"ADMINISTRATIVE_POINT_OF_CONTACT","primary":false,"userId":["https://orcid.org/0000-0002-5456-2434"],"firstName":"Jordan Steven","lastName":"Ruiz-Toquica","position":[],"email":[],"phone":[],"homepage":[],"address":[]}],"funding":"Convocatoria interna 2021 de Investigación de la Fundación Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano.","awards":[],"studyAreaDescription":"El área de estudio correspondió a la zona costera de Santa Marta, del departamento de Magdalena, Colombia. Específicamente, se extrajeron fragmentos coralinos de la zona de Inca Inca.","designDescription":"A partir de extractos de tejido y mucus de coral se pretende identificar las bacterias aislables que pertenecen al microbioma del coral M. auretenra en condiciones sanas a pesar de encontrarse cerca a sectores urbanos.","relatedProjects":[],"abstract":"Este proyecto buscó candidatos a microorganismos benéficos para corales aislados del coral Madracis auretenra en sitios cerca de asentamientos urbanos. Para ello, se aislaron bacterias a partir de muestras de mucus y tejido sanos, y se evaluaron características tales como: 1) la producción de pigmentos, 2) la actividad antagónica contra bacterias oportunistas comunes de corales (p.ej.: Vibrio sp.) a través de ensayos de inhibición del crecimiento por difusión en placa y de estría cruzada; 3) la actividad reductora de especies reactivas de oxígeno (ROS) por medio de la prueba catalasa, 4) la actividad disruptiva de quórum sensing utilizando como biosensores una cepa de Photobacterium sp. con bioluminiscencia y una cepa de Chromobacterium violaceum; y 5) la producción de sideróforos. Se escogieron los aislados que muestren tres o más características, y se identificarán molecularmente a partir de la secuenciación del gen 16S ARNr. \n\nParalelamente, se hizo una caracterización del sitio de muestreo para determinar cómo son las condiciones ambientales bajo las cuales se aislarán los candidatos; para ello, se midieron variables como la temperatura, salinidad, pH, oxígeno disuelto, nutrientes (amonio, nitratos, nitritos y fosfatos) y solutos suspendidos totales, y se estimó la cobertura del componente biológico de la comunidad bentónica, así como las asociaciones coral-alga con el fin de estimar índices de salud."},"samplingDescription":{"studyExtent":"Los datos fueron tomados en el sector de Inca Inca, el cual hace parte de la zona de Santa Marta, Magdalena, localizada en la ecorregión de la Sierra Nevada de Santa Marta. Predominan las actividades portuarias y turísticas, y también está afectada por altas descargas de aguas provenientes del emisario submarino, los ríos locales Manzanares y Gaira, y por el rebosamiento de las alcantarillas (García et al., 2012). Allí, existe una formación dominada por el coral Madracis auretenra, influeciada por estos factores.\n\nLos muestreos se realizaron durante el mes de marzo de 2022, perteneciente a la época seca mayor donde los vientos alisios del norte promueven el evento local de surgencia que propicia el descenso de la temperatura del agua hasta los 21 °C y el aumento de la salinidad hasta 38 (Franco-Herrera, 2005).","sampling":"Para determinar el microbioma bacteriano asociado al coral Madracis auretenra pertenecientes al sector de Inca Inca. En el mes de marzo ra 3 colonias, se tomaron 3 fragmentos de los cuales se extrajo el mucus y el tejido. A partir cada uno de ellos, se aislaron todas las bacterias cultivables posibles, las cuales fueron preservadas hasta su posterior análisis. \n\nPara cada uno de los aislados se realizó una extracción de ADN, se amplificó el gen 16S usando PCR y finalmente se secuenció e identificó usando la base de datos EZBiocloud.","qualityControl":"La calidad de las secuencias fue revisada en el software Bioedit 7.2.5 (Hall, 2011) y fueron editadas para dejar las lecturas de mayor calidad. La asignación taxonómica se determinó a nivel de género con un criterio del 97 % y a nivel de especie con porcentajes superiores al 99 % a través de la base de datos EzBioCloud (http://www.ezbiocloud.net) (Yarza et al., 2014; Yoon et al., 2017).","methodSteps":["En el sector de Inca Inca en el mes de marzo de 2022, se colocaron transectos de 10 m de de largo sobre los cuales se buscó el coral Madracis auretenra.","Se extrajeron 3 fragmentos de cada transecto y se depositaron en bolsas tipo Ziploc que, posteriormente, fueron refrigeradas a 4°C.","Se realizó un lavado con buffer fosfatos salino estéril (PBS) para retirar los organismos adheridos.","Los fragmentos se depositaron en PBS, y se agitaron (140 rpm) por una hora a 28°C para extraer el sobrenadante con el mucus.","El tejido calcáreo se dejó decantar y se recuperó el sobrenadante que contenía el tejido homogenizado.","Las muestras de mucus y tejido se concentraron a 3.000 g y se resuspendieron en 6 mL de PBS estéril.","A partir de cada muestra, se realizaron diluciones en serie hasta 10-4, se sembraron 100 μL en superficie en placas de MA y TSA + 1 % NaCl con asas de Drigalski estériles, y se dejaron incubando hasta por cinco días. Cada siembra se realizó por triplicado.","Paralelamente, se tomaron fragmentos de 3 cm frescos y lavados, y se realizó un barrido de la superficie con un hisopo estéril con el que se realizó una siembra masiva en placas de MA y TSA + 1 % NaCl. Cada siembra se realizó por triplicado.","Después del periodo de 24 horas, se observaron las placas en búsqueda de colonias aisladas, y se escogieron las colonias con base en diferencias en la morfología.","Las bacterias aisladas se repicaron hasta obtener cultivos puros, es decir, hasta observar una única morfología, lo cual se confirmó mediante carácter Gram (Madigan et al., 2000)","Los aislados puros se preservaron en TSB + 1 % NaCl suplementado con 20 % de glicerol a – 20 °C (hasta dos meses) y – 80 °C (hasta un año) (Stephen, 1995).","Las bacterias criopreservadas se restituyeron en caldo Tripticasa Soya -TSB- con 1 % de NaCl a 28 °C por 24-48 h y se mantuvieron en agar TSA 1 % NaCl para las sucesivas extracciones de ADN.","Se realizaron aislados de cada cultivo que se centrifugaron a 3.000 g × 10 min. Se descartó el sobrenadante y el pellet se lavó con buffer PBS estéril para eliminar los restos del medio de cultivo.","Se utilizó el kit MicroPrep™ de ADN bacteriano/fúngico de Zymo Research de acuerdo con las instrucciones del fabricante sin modificaciones.","Para la identificación, se utilizó el gen 16S ARNr (1465 pb) como marcador y el cual se amplificó por PCR utilizando el ADN extraído, y los PRIMERS universales para bacterias 27F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') y 1492R (5'-GGTTACCTTGTTACGACTT-3') (Frank et al., 2008).","Los productos se visualizaron en geles de agarosa 2,0 % y se almacenaron a -20 °C hasta su análisis vía secuenciación a través de la plataforma SANGER dideoxy en el centro de Secuenciación Gencore en la Universidad de los Andes.","Las secuencias obtenidas se limpiaron e identificaron según lo descrito en la sección de Control de Calidad."]},"countryCoverage":[],"collections":[],"dataDescriptions":[],"dataLanguage":"spa","acknowledgements":"Los autores agradecen al personal de la Fundación Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano, sede Santa Marta, así como a las unidades del Laboratorio de Calidad de Agua y el Laboratorio de Evolución, Sistemática y Ecología Molecular de la Universidad del Magdalena.
Agradecen a la unidad LABCAM del Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras-INVEMAR por los análisis químicos.
Agradecen especialmente a Carlos España y Angel Oviedo por su ayuda en el laboratorio, a Luis Garzón por su ayuda en la elaboración del mapa esquemático, y a Natalia Comba por sus consejos y donaciones de reactivos.
También agradecen al Ministerio de Ciencias y Tecnología-MINCIENCIAS por la Beca de Excelencia Doctoral Bicentenario.
","pubDate":"2026-09-11T00:00:00.000+00:00","maintenanceUpdateFrequency":"NOT_PLANNED","maintenanceDescription":"","license":"http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","dwca":{"coreType":"http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Occurrence","extensions":["http://data.ggbn.org/schemas/ggbn/terms/Permit","http://rs.iobis.org/obis/terms/ExtendedMeasurementOrFact"],"modified":"2026-09-14T11:28:56.739+00:00"},"category":["eDNA"],"approximateCounts":{"occurrenceCount":125}}