En los cuatro municipios seleccionados (Garzón, Palermo, Santa María y Timaná), fueron identificados los cultivos comerciales. En estos predios se realizó un muestreo fitosanitario. Fue realizada la toma de muestras de material enfermo. Cada muestra fue clasificada sintomáticamente para bacteriosis (R. solanacearum y otras bacterias) o marchitamiento vascular (FOC) y dispuesta dentro de bolsas de papel debidamente etiquetadas. Adicionalmente, para tejido con síntomas asociados a bacteriosis se empleó un medio liquido de pre-enriquecimiento específico para R. solanacearum, donde 1 cm3 de tejido sintomático fue incubado a temperatura ambiente y se conservaron hasta el posterior aislamiento. En el laboratorio, estas muestras fueron mantenidas a 4° C previo al aislamiento.
Este conjunto de datos consta de 6 registros biológicos representados en los reinos Fungi (2), Bacteria (1) y Animalia (3), la totalidad de los registros se identificó a nivel de género. La colecta de material se realizó en mayo del 2022.
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Occurrence dataset https://doi.org/10.15472/yuojgd accessed via GBIF.org on 2026-10-11.","identifier":"https://doi.org/10.15472/yuojgd","citationProvidedBySource":false},"contactsCitation":[{"key":6127728,"abbreviatedName":"Rodriguez Polanco L","firstName":"Leonora","lastName":"Rodriguez Polanco","roles":["ORIGINATOR"],"userId":["http://orcid.org/0000-0002-8553-2449"]},{"key":6127729,"abbreviatedName":"Vargas Verdugo A M","firstName":"Angela Maria","lastName":"Vargas Verdugo","roles":["ORIGINATOR"],"userId":["http://orcid.org/0000-0003-0671-3055"]},{"key":6127730,"abbreviatedName":"Rico Sierra E M","firstName":"Edgar Mauricio","lastName":"Rico Sierra","roles":["ORIGINATOR"],"userId":["http://orcid.org/0000-0003-4291-7119"]},{"key":6127731,"abbreviatedName":"Bermeo Fuquene P A","firstName":"Paula Andrea","lastName":"Bermeo Fuquene","roles":["ORIGINATOR"],"userId":["http://orcid.org/0000-0002-6795-8921"]},{"key":6127732,"abbreviatedName":"Recursos Biológicos","lastName":"Recursos Biológicos","roles":["METADATA_AUTHOR"],"userId":[]}],"lockedForAutoUpdate":false,"createdBy":"488f6b87-5688-4c9a-928c-2d5355054b01","modifiedBy":"crawler.gbif.org","created":"2025-06-04T13:39:51.336+00:00","modified":"2025-06-04T13:40:51.910+00:00","contacts":[{"key":6127728,"type":"ORIGINATOR","primary":true,"userId":["http://orcid.org/0000-0002-8553-2449"],"firstName":"Leonora","lastName":"Rodriguez Polanco","position":["Investigadora"],"email":["lrodriguezp@agrosavia.co"],"phone":[],"homepage":[],"organization":"Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria - 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Adicional a estos municipios, Algeciras, Hobo, Neiva, Suaza, Tello y Teruel fueron considerados en la tipificación de fincas.","sampling":"Además de la caracterización del sistema productivo, en cada predio o finca, se realizó el diagnóstico y la caracterización sanitaria, donde se priorizaron los patógenos con mayor riesgo de transmisión por semilla: Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc) y R. solanacearum. Además, se evaluó la frecuencia de nemátodos fitoparásitos en suelo. De las plantas seleccionadas, fue realizada una descripción sintomática del estado sanitario en campo y se recolectaron muestras de pseudotallo, colino y suelo encontrado entre la planta madre y sus hijuelos. Las muestras con síntomas relacionados con enfermedades fueron trasladadas al CI Nataima, para su procesamiento en laboratorio.","qualityControl":"Paralelamente a la toma de datos de las encuestas, fue realizada la toma de muestras de material enfermo. Cada muestra fue clasificada sintomáticamente para bacteriosis (R. solanacearum y otras bacterias) o marchitamiento vascular (FOC) y dispuesta dentro de bolsas de papel debidamente etiquetadas. Fueron almacenadas en una cava para luego ser llevadas al área de fitopatología del CI Nataima. Adicionalmente, para tejido con síntomas asociados a bacteriosis se empleó un medio liquido de pre-enriquecimiento específico para Rsol, donde 1 cm3 de tejido sintomático fue incubado a temperatura ambiente y se conservaron hasta el posterior asilamiento. En el laboratorio, estas muestras fueron mantenidas a 4° C previo al aislamiento.","methodSteps":["Bacteriosis: Aislamiento de bacterias asociadas a moko y otras bacteriosis \nPara la identificación de bacteriosis, a partir del medio líquido de pre-enriquecimiento se sembró por agotamiento en medio de cloruro de trifenil tetrazolio (TZC) y se sembró a una azada por duplicado para cada muestra; Por otro lado, a partir del material vegetal colectado se seleccionó 1 cm3 de tejido vascular afectado y se maceró con 1 ml de solución salina estéril, posteriormente se sembró por agotamiento en medio TZC por duplicado para cada muestra. Las muestras fueron incubadas a temperatura ambiente por 24 horas donde se seleccionaron las colonias con morfología asociada a Rsol: colonias blancas y/o con coloración rosada en el centro, de forma mucoide y borde irregular (Garćia et al, 2019).","Para la identificación de enterobacterias, a partir del material vegetal colectado se seleccionó 1 cm3 de tejido vascular afectado y se maceró con 1 ml de solución salina estéril, posteriormente se sembró por agotamiento en medio agar nutritivo por duplicado para cada muestra y se incubaron en cámara de anaerobiosis a temperatura ambiente por 24 h donde se seleccionaron las colonias para sembrarlas en agar nutritivo.","Detección molecular de los aislados de R. solanacearum\nCon los aislamientos puros se realizó Bio – PCR (Tran et al, 2016), para lo cual se tomó una colonia y se sembró en 500 ul de agua ultrapura, esta suspensión se incubó a 96°C por 10 minutos, posteriormente se centrifugó a 10.000 rpm por 10 minutos y se recuperó el sobrenadante para usarlo como templete en la PCR con los primers 759-760 de Opina et al 1997, como detección positiva se tomó la observación de un amplicón de 260 pares de bases en gel de agarosa al 1.5%. Para la detección de los filotipos de Rsol se emplearán los cebadores reportados por Fegan y Philippe, 2005.","Pruebas bioquímicas para enterobacterias\nPara la selección de otras bacterias fitopatógenas asociadas a muestras sintomáticas se empleó las pruebas bioquímicas de catalasa, oxidasa, gran, TSI y se complementaron con las pruebas api® 20 E de BIOMÉRIUX, las cuales consisten en 20 pruebas bioquímicas para la caracterización de Enterobacteriaceae.","Identificación de bacterias mediante secuenciación\nCon el fin de confirmar la detección de Rsol e identificar las enterobacterias aisladas se secuenció con el método Sanger un fragmento amplificado del gen 16S, posteriormente se ensambló de las secuencias sentido-antisentido y obtención de la secuencia consenso se empleó la herramienta Tracy. Finalmente, para la asignación taxonómica de la muestra se empleó el algoritmo heurístico BLAST con la base de datos del NCBI para buscar y comparar secuencias anotadas similares a las obtenidas a partir de las muestras, se analizaron las métricas de calidad de los alineamientos para realizar la correspondiente asignación.","Marchitez vascular: Aislamiento de hongos asociados a la marchitez vascular\nPor su parte, del material enfermo traído de campo fueron escogidas muestras en etapas intermedias de la lesión provocada por Fusarium oxysporum f. sp. cubense, para luego realizar un proceso convencional de desinfección: brevemente, en condiciones de asepsia, los segmentos de pseudotallo parcialmente enfermos fueron cortados en trozos de 0,25 cm2, luego lavados con hipoclorito de sodio al 2% por 45 segundos y enjuagados tres veces con agua destilada estéril (Comunidad Andina, 2020). Los trozos se dejaron secar y luego fueron sembrados en medios de cultivo DRBC. La morfología de colonia de mayor frecuencia, obtenidas cuatro días después se llevaron a cultivo puro en PDA.","Detección molecular de los aislados de Fusarium spp.\nSe realizó detección molecular de cepas relacionadas con FOC (F. oxysporum f. sp. Cubense), mediante el uso del kit Go Taq Green Master Mix y los primers SIX9a, Six6b y Six1a, quienes amplifican para FOC, R1 y R4T, respectivamente (Carlvahais, 2019). Las concentraciones de los reactivos y las condiciones de PCR fueron realizadas de cuerdo con la metodología de Carlvahais, (2019). Posteriormente, se tomó un volúmen de 10 uL de los productos de PCR para ser revelados mediante electroforesis en gel de agarosa (1,5%).","Con el fin de corroborar los resultados del diagnóstico en el laboratorio, fue realizado un servicio de secuenciación tipo Sanger. La limpieza de las secuencias obtenidas y la generación de la secuencia consenso fueron realizadas en los programas Mega y bioedit, respectivamente. Finalmente, con el fin de encontrar el resultado a nivel de especie y forma especial, la secuencia consenso fue llevada a la página del NCBI donde se realizó el BLAST. Para la identificación se tuvo en la cuenta características como el e-value y el porcentaje de cobertura.","Características microbiológicas de Foc\nLuego de realizar el diagnóstico y con las cepas cuyo resultado fue positivo en las pruebas moleculares, se realizó una caracterización micro y macroscópica. Para el caso de la caracterización microscópica, se realizó la medición de estructuras reproductivas con ayuda del microscopio Zeiss y el programa Zen 2011. Inicialmente se realizaron microcultivos por cada cepa y luego de la aparición de estructuras, se midieron los siguientes parámetros (n=30): largo y ancho de microconida, largo y ancho de la macroconidia y por último, largo y ancho de la clamidospora.","Para el caso de las características macroscópicas, fue el crecimiento diario en PDA y las características de las colonias del hongo en cajas de Petri las variables evaluadas. Para esto, inicialmente fue inoculado un disco de agar de 5 mm, que contenía el patógeno. Este disco, fue transferido a una caja de agar con PDA y luego fue incubado en oscuridad a 28°C. Se realizaron mediciones diarias del diámetro de la colonia hasta el día ocho, con ayuda de un pie de rey. Para este último día, adicionalmente fue determinado el color de la colonia, la elevación y la presencia de filamentos visibles. Adicionalmente, fueron tomadas fotografías del patógeno en sentido adverso y transverso para este último día."]},"countryCoverage":[],"collections":[],"dataDescriptions":[],"dataLanguage":"spa","pubDate":"2025-06-04T00:00:00.000+00:00","maintenanceUpdateFrequency":"NOT_PLANNED","maintenanceDescription":"","license":"http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","dwca":{"coreType":"http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Occurrence","extensions":["http://data.ggbn.org/schemas/ggbn/terms/Permit"],"modified":"2026-10-05T01:31:27.968+00:00"},"approximateCounts":{"occurrenceCount":6}}